我无法获得lme 4型号的summary()分.每当我运行lme4对象的summary函数时,我都会收到错误:

diag中的错误(from,names = RST):未找到对象"unpackedMatrix_diag_get"

我无法追踪该问题,因此在下面编写了生成错误的代码,并包含了直接加载到代码中的所有包.注.模型不会收敛,但我对收敛模型也得到了相同的错误.


# packages
library(tidyverse)
library(kableExtra)
library(psych)
library(lavaan)
library(semPlot)
library(qpcR)
library(brms)
library(lme4)

partid <- c("A","B","C","D","A","B","C","D") 
count <- c(13, 41, 33, 37, 60, 41, 41, 39) 
side <- c("L","L","L","L","R","R","R","R") 

dat <- data.frame(partid, count, side)

mod <- lme4::lmer(count~ side + (1 | partid)) 
summary(mod)

以下是sessionInfo()的输出:

R version 4.3.3 (2024-02-29)
Platform: x86_64-apple-darwin20 (64-bit)
Running under: macOS Sonoma 14.2.1

Matrix products: default
BLAS:   /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib 
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-x86_64/Resources/lib/libRlapack.dylib;  LAPACK version 3.11.0

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

time zone: Europe/London
tzcode source: internal

attached base packages:
stats     
graphics  
grDevices 
utils     
datasets  
methods   
base     

other attached packages:
lme4_1.1-35.3     
brms_2.21.0       
Rcpp_1.0.12       
qpcR_1.4-1        
Matrix_1.6-5      
robustbase_0.99-2
rgl_1.3.1         
minpack.lm_1.2-4  
MASS_7.3-60.0.1   
semPlot_1.1.6     
lavaan_0.6-17     
psych_2.4.3      
kableExtra_1.4.0  
lubridate_1.9.3   
forcats_1.0.0     
stringr_1.5.1     
dplyr_1.1.4       
purrr_1.0.2      
readr_2.1.5       
tidyr_1.3.1       
tibble_3.2.1      
ggplot2_3.5.0     
tidyverse_2.0.0  

loaded via a namespace (and not attached):
tensorA_0.36.2.1       
rstudioapi_0.16.0      
jsonlite_1.8.8         
magrittr_2.0.3         
nloptr_2.0.3          
rmarkdown_2.26         
vctrs_0.6.5            
minqa_1.2.6            
base64enc_0.1-3        
rstatix_0.7.2         
htmltools_0.5.8.1      
distributional_0.4.0   
broom_1.0.5            
Formula_1.2-5          
StanHeaders_2.32.6    
htmlwidgets_1.6.4      
plyr_1.8.9             
igraph_2.0.3           
lifecycle_1.0.4        
pkgconfig_2.0.3       
R6_2.5.1               
fastmap_1.1.1          
OpenMx_2.21.11         
digest_0.6.35          
fdrtool_1.2.17        
colorspace_2.1-0       
Hmisc_5.1-2            
ggpubr_0.6.0           
fansi_1.0.6            
timechange_0.3.0      
abind_1.4-5            
compiler_4.3.3         
withr_3.0.0            
glasso_1.11            
htmlTable_2.4.2       
backports_1.4.1        
inline_0.3.19          
carData_3.0-5          
QuickJSR_1.1.3         
pkgbuild_1.4.4        
ggsignif_0.6.4         
corpcor_1.6.10         
gtools_3.9.5           
loo_2.7.0              
tools_4.3.3           
pbivnorm_0.6.0         
foreign_0.8-86         
zip_2.3.1              
nnet_7.3-19            
glue_1.7.0            
quadprog_1.5-8         
nlme_3.1-164           
lisrelToR_0.3          
grid_4.3.3             
checkmate_2.3.1       
cluster_2.1.6          
reshape2_1.4.4         
generics_0.1.3         
gtable_0.3.4           
tzdb_0.4.0            
data.table_1.15.4      
hms_1.1.3              
xml2_1.3.6             
car_3.1-2              
utf8_1.2.4            
sem_3.1-15             
pillar_1.9.0           
rockchalk_1.8.157      
posterior_1.5.0        
splines_4.3.3         
lattice_0.22-5         
kutils_1.73            
tidyselect_1.2.1       
pbapply_1.7-2          
knitr_1.45            
gridExtra_2.3          
svglite_2.1.3          
stats4_4.3.3           
xfun_0.43              
bridgesampling_1.1-2  
qgraph_1.9.8           
arm_1.14-4             
matrixStats_1.3.0-9001 
DEoptimR_1.1-3         
rstan_2.32.6          
stringi_1.8.3          
yaml_2.3.8             
boot_1.3-29            
evaluate_0.23          
codetools_0.2-19      
mi_1.1                 
buildmer_2.11          
cli_3.6.2              
RcppParallel_5.1.7     
rpart_4.1.23          
xtable_1.8-4           
systemfonts_1.0.6      
munsell_0.5.1          
coda_0.19-4.1          
png_0.1-8             
XML_3.99-0.16.1        
parallel_4.3.3         
rstantools_2.4.0       
jpeg_0.1-10            
bayesplot_1.11.1      
Brobdingnag_1.2-9      
viridisLite_0.4.2      
mvtnorm_1.2-4          
scales_1.3.0           
openxlsx_4.2.5.2      
rlang_1.1.3            
mnormt_2.1.1  

我曾try 通过重新安装lme4Matrix来解决问题,以防它们导致这种情况,但没有成功.

推荐答案

我相信是buildmer包与Matrix不同步.这之前出现在lme4 issues list上,并被认为是buildmer的问题. buildmer issues list上似乎没有什么.

我在干净的R会话中运行了以下代码:

library(lme4)
m1 <- lmer(Reaction ~ Days + (1|Subject), sleepstudy)
summary(m1)
library(buildmer)
m2 <- buildmer(Reaction ~ Days + (1|Subject), sleepstudy)

最终

诊断中的错误(来自,名称= RST): 未找到对象"unpackedMatrix_diag_get"
mp @call中的错误: 没有适用于"try 错误"类对象的@的方法

然后我重新安装了buildmer from source,重新启动了R,并且能够毫无问题地运行该示例.

重新安装buildmer后,您的例子也适用于我.(我没有try 重新安装before,也懒得回go 安装不匹配的Matrix/buildmer对,看看是否可以复制错误.)

我不太清楚您是如何加载buildmer的(我在您的sessionInfo()输出中看到了它,但当我仅加载您在示例中指定的包时,它不会出现.)

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