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R 当我添加美学时，geom_point未对齐

我想做一个分组的，分面的盒子图，也显示了潜在的点. 一切都很好，直到我为点的形状添加了另一个变量，现在这些点不在X轴上对齐.

此代码可以工作:

BioT_dat_lng %>%
  filter(name=="genome") %>%
  ggplot()+
  geom_boxplot(aes(x=Volume,y=value,fill=Fraction),alpha=0.3) +
  geom_point(aes(x=Volume,y=value,fill=Fraction),position=position_dodge(width=0.75)) +
  facet_wrap(~ Kit,scales="free_x") +
  ylab("proportion mapping to genome") +
  theme_bw()

Producing this graph: enter image description here

但当我为这些点的形状添加另一种美感时，这些点并不是单独对齐的.

BioT_dat_lng %>%
  filter(name=="genome") %>%
  ggplot()+
  geom_boxplot(aes(x=Volume,y=value,fill=Fraction),alpha=0.3) +
  geom_point(aes(x=Volume,y=value,fill=Fraction,shape=Donor),position=position_dodge(width=0.75)) +
  facet_wrap(~ Kit,scales="free_x") +
  ylab("proportion mapping to genome") +
  theme_bw()

enter image description here

数据如下:

> dput(BioT_dat_lng)
structure(list(Kit = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), levels = c("Mini", "Midi", 
"Maxi"), class = "factor"), Fraction = c("Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", "Exosomal", 
"Exosomal", "Exosomal", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", 
"cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA", "cf-RNA"), Volume = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 5L, 
5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 
5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 
5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 
5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 
5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 
6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 7L, 
7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 
7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 
5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 6L, 
6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 
6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 
7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L), levels = c("250uL", 
"500uL", "1000uL", "6000uL", "10000uL", "20000uL", "30000uL"), class = "factor"), 
    Donor = c("D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", 
    "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D3", "D3", 
    "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D1", "D1", "D1", "D1", 
    "D1", "D1", "D1", "D1", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", 
    "D2", "D2", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", 
    "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D2", "D2", 
    "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D3", "D3", "D3", "D3", 
    "D3", "D3", "D3", "D3", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", 
    "D1", "D1", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", 
    "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D1", "D1", 
    "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D2", "D2", "D2", "D2", 
    "D2", "D2", "D2", "D2", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", 
    "D3", "D3", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", 
    "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D3", "D3", 
    "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D1", "D1", "D1", "D1", 
    "D1", "D1", "D1", "D1", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", 
    "D2", "D2", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", 
    "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D2", "D2", 
    "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D3", "D3", "D3", "D3", 
    "D3", "D3", "D3", "D3", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", 
    "D1", "D1", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", 
    "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D1", "D1", 
    "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D2", "D2", "D2", "D2", 
    "D2", "D2", "D2", "D2", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", 
    "D3", "D3", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", 
    "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D3", "D3", 
    "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D1", "D1", "D1", "D1", 
    "D1", "D1", "D1", "D1", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", 
    "D2", "D2", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", 
    "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D2", "D2", 
    "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D3", "D3", "D3", "D3", 
    "D3", "D3", "D3", "D3", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", 
    "D1", "D1", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", 
    "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D1", "D1", 
    "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D2", "D2", "D2", "D2", 
    "D2", "D2", "D2", "D2", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", 
    "D3", "D3", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", 
    "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D3", "D3", 
    "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D3", "D1", "D1", "D1", "D1", 
    "D1", "D1", "D1", "D1", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", "D2", 
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    "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D1", "D2", "D2", 
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"data.frame"))

推荐答案

当您添加shape = Donor时，您更改了决定如何减淡这些点的分组，即不再仅通过Fraction减淡它们，而是通过Fraction和Donor的相互作用来减淡它们.为防止出现这种情况，您可以在group AES上明确设置或映射，即添加group = Fraction:

library(ggplot2)
library(dplyr, warn = FALSE)

BioT_dat_lng %>%
  filter(name == "genome") %>%
  ggplot() +
  geom_boxplot(aes(x = Volume, y = value, fill = Fraction), alpha = 0.3) +
  geom_point(aes(
    x = Volume, y = value, fill = Fraction,
    shape = Donor, group = Fraction
  ), position = position_dodge(width = 0.75)) +
  facet_wrap(~Kit, scales = "free_x") +
  ylab("proportion mapping to genome") +
  theme_bw()

enter image description here

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