执行R脚本ssh和nohup

发布于09月17日

我在远程服务器上有R个文件test.R.它只包含以下内容:

Sys.sleep(5)

在我的本地计算机中，我有我的local.R文件:

library(ssh)

host<-"root@someip"
keyfile<-"mykeyfile.osh"
passwd<-"mypassword"

ssh_session <- ssh::ssh_connect(host,keyfile,passwd)

print(Sys.time())
a<-ssh::ssh_exec_wait(ssh_session,
                      command = 'nohup R CMD BATCH test.R &')
print(Sys.time())

ssh::ssh_disconnect(ssh_session)

当我执行local.R时，我得到以下输出:

[1] "2023-09-16 17:41:52.707577 CEST"
[1] "2023-09-16 17:41:58.132833 CEST"

如果你观察，这两个时间之间的差异超过5秒.我期待的是第二版不要等到完成test.R的执行.我的最终目标是让它在一款shiny应用程序上运行.

编辑.我也用了command = 'nohup Rscript test.R &'，但结果还是差不多的.

有什么主意吗？谢谢!

推荐答案

正如 comments 中提到的，ssh_exec_wait() always等待服务器端标准输出和错误流关闭.顺便说一句，这与ssh命令行实用程序的行为相同，除非强制通过-t选项进行伪终端分配.

因此，避免等待的一个 Select 是重定向命令的输出和错误流，以将它们从终端分离:

a <- ssh::ssh_exec_wait(
  ssh_session,
  command = 'nohup Rscript test.R >/dev/null 2>&1 &'
)

请注意，上述内容(显然)会丢弃任何输出.如果您need输出，您需要调整您的脚本，或者执行重定向到合适的文件.

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