在igraph中对布局进行部分修改

graph <- igraph::graph_from_data_frame(d=edge, vertices = nodes, directed = FALSE)

V(graph)$color <- ifelse(nodes[V(graph), 2] == "A", "red",
                         ifelse(nodes[V(graph), 2] == "B", "blue", "white"))
V(graph)$layer <- ifelse(V(graph)$TYPE == "B",2, ifelse(V(graph)$TYPE == "C", 1,3))

plot_layout <- layout_with_sugiyama(graph, layers = V(graph)$layer)

plot(graph, layout = plot_layout, vertex.size = 5,
      vertex.label = NA,
     vertex.label.dist = 0, vertex.label.cex = 0.6,
     vertex.label.color = "black",
     edge.curved = 0.2, edge.width = 1, edge.color=adjustcolor("grey", 0.3))

#adding the layout and trying to use ggraph and ggrepel to avoid overlap
plot_layout <- as.data.frame(plot_layout[["layout"]]) 
plot_layout <- rename(plot_layout, x = V1, y= V2)
graph <- create_layout(graph, plot_layout) 

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