R 用热图着色大脑表面

发布于10月31日

library(rgl)
library(brainR)
template <- readNIfTI(system.file("MNI152_T1_2mm_brain.nii.gz",
                                  package = "brainR"), reorient = FALSE)
misc3d::contour3d(template, level = 4500, alpha = .7, draw = T)

使用上面的代码，人们可以生成大脑的3D模型. 自变量draw = FALSE要求轮廓3d计算并返回作为三角形网格对象的轮廓表面，而不绘制它.

a <- misc3d::contour3d(template, level = 4500, alpha = .7, draw = F)
str(a)
List of 10
 $ v1      : num [1:110433, 1:3] 45 45 46 46 47 47 43 43 44 44 ...
 $ v2      : num [1:110433, 1:3] 44.1 46 46 47 47 ...
 $ v3      : num [1:110433, 1:3] 45 45 45 46 46 ...
 $ color   : chr "white"
 $ color2  : logi NA
 $ fill    : logi TRUE
 $ material: chr "default"
 $ col.mesh: logi NA
 $ alpha   : num 0.7
 $ smooth  : num 0
 - attr(*, "class")= chr "Triangles3D"

我想用上面物体的外表面来投射热图，或者说，给表面上色……我还想知道如何确定这个模型中的某些位置，例如EEG通道位置.是否可以使用函数rgl:::surface3d仅生成a$v1, a$v2 ...的曲面？先谢谢你，

data<-misc3d::contour3d(template, level = 4500, alpha = .7, draw = F) points <- rbind(data$v1, data$v2, data$v3) points <- points[order(rep(1:(nrow(points)/3),3), rep(1:3, nrow(points)/3)),] color_map <- c("red","blue","green")[cut(points[,1], 3, labels=F)] rgl::open3d() rgl::triangles3d(points, alpha=.7, color = color_map)

R 用热图着色大脑表面

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