我try 将软件包vegan(版本2.5-7,R4.1.2)中的cca
(以及capscale
)嵌入到另一个函数中,用一些数据转换测试分析管道,然后改变模型公式.使用的数据矩阵(例如bio
和env
)可以有不同的名称,并且通常在全局工作空间中不可见.我得到的错误是:
Error in eval(match.call()$data, environment(formula), enclos = .GlobalEnv) :
object 'env' not found
这看起来像是一个范围问题.环顾四周,似乎vegan在过go 的范围界定中有一些问题,比如said to be fixed,所以我想知道我是否忽略了什么.也欢迎任何变通方法,例如环境操纵.
library("vegan")
## create some example data
set.seed(123)
bio <- matrix(sample(0:10, 50, replace = TRUE), nrow = 10)
env <- data.frame(
x = sample(1:10, 10),
y = 1:10 + rnorm(10),
z = rnorm(10)
)
cca(bio ~ x + y, data = env) # works
## enclose cca with some other stuff in a function
foo <- function(model, bio, env) {
## do preparatory data transformation
fm <- cca(model, data = env)
print(fm)
## do something else
}
model <- formula(bio ~ x + y) # works
foo(model, bio=bio, env=env)
## now rename data to test scoping
bio2 <- bio
env2 <- env
rm(bio, env)
foo(model, bio = bio2, env = env2) # error
# Error in eval(match.call()$data, environment(formula), enclos = .GlobalEnv) :
# object 'env' not found