我正在try 运行一个R脚本(特别是,我正在使用Bioconductor软件包Slingshot中的"getLineages"函数).

我想知道为什么会出现错误"向量内存耗尽(达到极限?)"当我使用这个函数时,它会显示出来,因为与这个包中的其他函数(我正在分析的数据)相比,它似乎不是内存最密集的函数.

我知道Stackoverflow上还有其他类似的问题,但它们都建议切换到64位版本的R.不过,我已经在使用这个版本了.到目前为止,这个问题似乎没有其他答案,我想知道是否有人知道?

数据大小只有120mb,远低于我电脑8GB的内存.

R 64 bit version

推荐答案

对于那些使用Rstudio的人,我发现设置Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000),正如在多个StackOverflow帖子上建议的那样,只在命令行上起作用,并且在使用Rstudio时设置该参数并不能防止此错误:

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

在进一步阅读之后,我找到了this个线程,它澄清了Rstudio的问题,并确定了一个解决方案,如下所示:

第一步:打开终端,

第二步:

cd ~
touch .Renviron
open .Renviron

第3步:将以下内容保存为.Renviron的第一行:

R_MAX_VSIZE=100Gb 

注:此限制包括物理内存和虚拟内存;因此,在具有16Gb物理内存的机器上设置_MAX_VSIZE=16Gb可能无法防止此错误.根据机器的规格,您可能需要使用此参数

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