install.packages 在 knitr 文档中失败：try 使用 CRAN 而不设置镜像

发布于11月28日

使用下面的代码，我得到了我想要的数据，但由于某些原因，我无法理解knitr不允许我编译PDF文档，如下所示:

我的代码:

install.packages("weatherData")
library(weatherData)
istanbul <- getWeatherForDate("Istanbul",
                              start_date = Sys.Date() - 41, 
                              end_date = Sys.Date())

工作没有问题，但我在try 编译PDF时收到以下消息:

Quitting from lines 3-31 (ist_weather.spin.Rmd) 
Error in contrib.url(repos, type) : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: <Anonymous> ... eval -> eval -> install.packages -> grep -> contrib.url
Execution halted

推荐答案

Knitr生成一个R会话，没有默认的cran镜像，除非您特别要求.当我们使用Rstudio时，我们往往忘记了我们需要 for each R会话设置CRAN，因为它会处理它，但只用于交互式使用，而不用于knitr.

可以try 将镜像指定为install.packages参数:

install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")

或者，您可以在.Rprofile中设置默认的CRAN mirror.见this answer.

也就是说，it is not a good idea to install packages through a knitr document that you will probably compile several times.您应该假设人们知道如何在需要时安装丢失的软件包，或者至少在再次安装之前测试该软件包是否已安装

if(!require(weatherData)) install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")

install.packages 在 knitr 文档中失败：try 使用 CRAN 而不设置镜像

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