自从最新的R更新后我收到了通知

总结xmlImport:"中值"没有可见的全局函数定义

在起重机判断中.更多注释参见R中的read.tablewrite.table和其他标准功能.

当我查看我的文件摘要时.xmlImport,文件如下所示:

summary.xmlImport <- function(object, ...){

   rowCount <- sapply(object,nrow)
   cat("Summary of xmlImport object\n")
   cat("---------------------------\n")
   cat("Sequences    :",length(object),"\n")
   cat("Min hits     :",min(rowCount),"\n")
   cat("Average hits :",mean(rowCount),"\n")
   cat("Median hits  :",median(rowCount),"\n")
   cat("Max hits     :",max(rowCount),"\n")
   invisible(object)

} 

我不明白,为什么我现在应该在名称空间中添加median函数,但为什么不添加minmean等.注意事项只是关于median函数.

有人知道这张纸条的原因是什么以及如何修复吗?我注意到目前有很多R包都有相同的注释.

我可以在一个未声明变量的上下文中理解这个警告,但我假设median()read.table()等函数在R中是全局可见的,尤其是当mean()看起来是!?

编辑:我只在CRAN上收到通知,但在我的本地计算机上没有收到,这使得搜索解决方案有点麻烦...我的计算机的会话信息:

> sessionInfo()
R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS

推荐答案

Monday June 29, 2015开始,所有非base函数必须在名称空间中显式导出,才能通过R CMD check --as-cran.更改的原因是,现在只使用附加的base包判断代码,因此必须明确列出默认包(如stats)中的函数.

要导入这些包,请考虑执行以下操作:

  • 在描述中,你可能想把它们列在Imports中.几乎没有理由在Depends中列出一个Package.
  • 在名称空间中,可以 Select import(stats)importFrom(stats, ...),其中...是一个或多个逗号分隔的函数名.(如果使用roxygen2::roxygenize()devtools::document()生成文档和名称空间,类似的标记将是#' @import stats#' @importFrom stats ....)

If you want to work interactively with R in a mode that mimics this,你只需要在附加基本包的情况下启动R.There are several ways to do this,但可能最简单的方法是在shell:R_DEFAULT_PACKAGES=NULL或中设置环境变量.Renviron文件,然后使用R --vanilla启动R.在Terminal或bash中,这将是:

$ export R_DEFAULT_PACKAGES=NULL
$ R --quiet --vanilla
> search()
[1] ".GlobalEnv"   "Autoloads"    "package:base"

在Windows命令提示符中,它将是:

C:\>SET R_DEFAULT_PACKAGES=NULL
C:\>R --quiet --vanilla
> search()
[1] ".GlobalEnv"   "Autoloads"    "package:base"

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