Linux 从另一个文件中的大文件中查找行的最快方法

我在While循环中使用grep来查找另一个文件中一个文件的行，并将输出保存到一个新文件中.我的文件非常大(2.26亿行)，脚本耗时很长(12天，而且还在继续).你有什么建议可以加快速度吗？也许有比GREP更好的方法？

(我还需要输出的前一行，因此是grep-b1.)

以下是我的代码:

#!/bin/bash

while IFS= read -r line; do
  grep -B 1 $line K33.21mercounts.bf.trimmedreads.dumps.fa >> 21mercounts.bf.trimmedreads.diff.kmers.K33;
done <21mercounts.bf.trimmedreads.diff.kmers 

最新情况:

包含要查找的行的输入文件为4.7 GB和226 MIO行，如下所示:

AAAGAAAAAAAAAGCTAAAAT
ATCTCGACGCTCATCTCAGCA
GTTCGTCGGAGAGGAGAGAAC
GAGGACTATAAAATTGTCGCA
GGCTTCAATAATTTGTATAAC
GACATAGAATCACGAGTGACC
TGGTGAGTGACATCCTTGACA
ATGAAAACTGCCAGCAAACTC
AAAAAACTTACCTTAAAAAGT
TTAGTACACAATATCTCCCAA

要查看的文件有26 GB和20亿行，如下所示:

>264638
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>1
AAAGAAAAAAAAAGCTAAAAT
>1
ATCTCGACGCTCATCTCAGCA
>1
GTTCGTCGGAGAGGAGAGAAC
>28
TCTTTTCAGGAGTAATAACAA
>13
AATCATTTTCCGCTGGAGAGA
>38
ATTCAATAAATAATAAATTAA
>2
GAGGACTATAAAATTGTCGCA
>1
GGCTTCAATAATTTGTATAAC

预期输出如下:

>1
AAAGAAAAAAAAAGCTAAAAT
>1
ATCTCGACGCTCATCTCAGCA
>1
GTTCGTCGGAGAGGAGAGAAC
>2
GAGGACTATAAAATTGTCGCA
>1
GGCTTCAATAATTTGTATAAC