我有以下数据框:
FID1 FID2 PropIBD
ABC DEF 0.5000
DEF ABC 0.0000
GHI LMO 0.002
LMO GHI 0
L454 9G09 0
如何从该数据帧中删除重复/反转且PropIBD列为0的行？
举个例子，前两行是重复的，因为第一行的FID1等于第二行的FID2，第一行的FID2等于第二行的FID1.因此，我想要以下最终数据框架:
FID1 FID2 PropIBD
ABC DEF 0.5000
GHI LMO 0.002
L454 9G09 0
我怎样才能在R中做到这一点？
以R为基数，你可以使用ave+pmin/pmax，例如，
> transform(df, PropIBD = ave(PropIBD, pmin(FID1, FID2), pmax(FID1, FID2), FUN = sum))
FID1 FID2 PropIBD
1 ABC DEF 0.500
2 DEF ABC 0.500
3 GHI LMO 0.002
4 LMO GHI 0.002
5 L454 9G09 0.000
你可以用aggregate+pmin/pmax
aggregate(
PropIBD ~ .,
transform(
df,
# for each row, the "smaller" string is put in `FID1` (sorted by alphabetical order), while the "larger" will be put in `FID2`
FID1 = pmin(FID1, FID2),
FID2 = pmax(FID1, FID2)
),
max
)
这给了我们
FID1 FID2 PropIBD
1 ABC DEF 0.500
2 9G09 L454 0.000
3 GHI LMO 0.002
如果你关心FID1/FID2中元素的顺序，你可以使用igraph
library(igraph)
df %>%
graph_from_data_frame(directed = FALSE) %>%
simplify(edge.attr.comb = "max") %>%
as_data_frame() %>%
setNames(names(df))
这给了我们
FID1 FID2 PropIBD
1 ABC DEF 0.500
2 GHI LMO 0.002
3 L454 9G09 0.000