我感兴趣的是生成竞争事件的累积关联曲线图,其中包括曲线中的勾选/审查标记.我知道你可以在没有竞争风险的情况下使用1-CSH Kaplan Meier方法创建带有勾选/审查标记的情节,但随着时间的推移,这似乎高估了风险概率.我想知道有没有人知道在存在竞争风险的情况下将勾选/审查标记添加到累积发病图(参见下面的Cuminc()图)的方法,或者是否知道可以解释竞争事件并添加勾选/审查标记的包.我已经在谷歌上搜索了一段时间,但我还没有找到这样做的方法.据我所知,目前还没有办法做到这一点.任何帮助都将不胜感激.:)
以下是我看到的一些帖子:
- Cumulative incidence plot in R using ggsurvplot个
- https://stats.stackexchange.com/questions/80813/making-a-cumulative-incidence-plot-in-r个
- Survival plot appearance(看起来是1-CSH)
- Plot censored events in R version 3.3.2
- https://stats.stackexchange.com/questions/543614/can-i-draw-1-cif-cumulative-incidence-function-as-a-survival-curve个
- https://cran.r-project.org/web/packages/survival/vignettes/survival.pdf(用户EdM解释了该问题,也可以在第2.3.2节Therneau的单克隆丙种球蛋白病pdf中找到)
我已经查看了plot(cuminc())和ggcompetingrisks(ci.cuminc)的文档,但还没有看到一个参数在曲线上包含tick/censor标记.
在下面的例子中,我使用存活卵巢数据集,并通过将Fustat替换为2来添加一个额外的事件,如果他们的Futime存活时间是<;300.
library(survival)
library(survminer)
library(cmprsk)
library(ggsurvfit)
df <- data.frame(ovarian)
df$fustat2 <- df$fustat
df[df$futime < 300,]$fustat2 <- 2
df$rx <- factor(df$rx, c(1, 2), labels=c('Rx1', 'Rx2'))
# This example is 1-CS KM:
surv.obj <- survfit(Surv(futime, fustat2==1)~rx, data=df)
#plot(surv.obj, fun= function(x) {1 - x}, bty='L', mark.time=TRUE)
plot(surv.obj, fun="event", bty='L', mark.time=TRUE)
# ggsurvfit also produces 1-CS KM curve:
ggsurvfit(surv.obj, type = "risk") + add_censor_mark()
# Cumulative incidence Curve:
ci.cuminc <- cuminc(ftime = df$futime, fstatus= df$fustat2, group = df$rx)
plot(ci.cuminc, lty=c(1, 1, 0, 0), wh=c(-1,-1), ylim=c(0, 0.45))
# Survminer package has ggcompetingrisks()
ggpar(ggcompetingrisks(ci.cuminc[1:2], multiple_panels = FALSE, censor=TRUE, censor.shape="+"), ylab = "Probablity")