R 如何从矩阵绘制环弦图

发布于01月15日

我有一个矩阵，里面有一排排的基因，以及它们在某些疾病类别中有多少种药物.

我试着用R做一个和弦图，把我所有的疾病分成几个部分，然后每种疾病有多少个基因有药物，哪些有重叠.

然而，使用我的矩阵，当我try 运行chordDiagram(df)时，我得到了一个和弦图，其中不仅有疾病的部分，还有基因的部分.

我的数据片段如下所示:

df <- structure(c(0, 0, 0, 0, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 20, 0, 0, 0, 0, 2, 
0, 8, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 35, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1), .Dim = c(5L, 
11L), .Dimnames = list(c("CASZ1", "CASQ2", "VANGL1", "CLCN6", 
"MTHFR"), c("heart failure", "cardiomyopathy", "coronary artery disease", 
"cardiovascular disease", "hypertension", "atrial fibrillation", 
"arrhythmia", "myocardial infarction", "cardiac arrest", "heart valve disease", 
"Other conditions")))

如何才能得到部分仅为疾病/我的列名的弦图？

do.call('rbind', lapply(apply(df, 1, \(x) colnames(df)[x > 0]), function(x) { if(length(x) < 2) return(NULL) if(length(x) == 2) return(t(x)) return(t(combn(x, 2))) })) |> igraph::graph.edgelist() |> igraph::as_adj(sparse = FALSE) |> circlize::chordDiagram()

R 如何从矩阵绘制环弦图

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