R 将表格转换为宽格式，其中并非所有列都是长的

发布于08月24日

我正在try 转换复杂的数据帧，例如(:

Olddata_long=

A  B   C  SAMPLE_ID  1   2   3   4   5
X1 Y1  Z1 SAMPLE1   G1  H1  J1  K1  L1 
X1 Y1  Z1 SAMPLE2   G2  H2  J2  K2  L2 
X2 Y2  Z2 SAMPLE1   G3  H3  J3  K3  L3 
X2 Y2  Z2 SAMPLE2   G4  H4  J4  K4  L4

其中1-5是每个样品所特有的. 我正在try 将其转换为一种"宽"格式，例如:

A   B   C    SAMPLE1                      SAMPLE2
X1  Y1  Z1   1=G1;2=H1;3=J1;4=K1;5=L1     1=G2;2=H2;3=J2;4=K2;5=L2
X2  Y2  Z2   1=G3;2=H3;3=J3;4=K3;5=L3     1=G4;2=H4;3=J4;4=K4;5=L4

我已经处理了转换为长格式的问题，但无论如何都想不到对多个变量执行此操作.

data_wide <- spread(olddata_long, SAMPLE_ID, c(1,2,3,4,5))

也许连接1:5比转换为宽格式更容易？

推荐答案

您可以先将其加长，然后进行变换，然后将其加宽.例如

dd %>% 
  pivot_longer(`1`:`5`) %>% 
  mutate(val=paste0(name, "=", value), name=NULL, value=NULL) %>%
dd %>% 
  pivot_longer(`1`:`5`) %>% 
  mutate(val=paste0(name, "=", value), name=NULL, value=NULL) %>%
  pivot_wider(names_from=SAMPLE_ID, values_from=val, values_fn=function(x) paste(x, collapse=";"))
#   A     B     C     SAMPLE1                  SAMPLE2                 
#   <chr> <chr> <chr> <chr>                    <chr>                   
# 1 X1    Y1    Z1    1=G1;2=H1;3=J1;4=K1;5=L1 1=G2;2=H2;3=J2;4=K2;5=L2
# 2 X2    Y2    Z2    1=G3;2=H3;3=J3;4=K3;5=L3 1=G4;2=H4;3=J4;4=K4;5=L4

经过测试

dd <- read.table(text="A  B   C  SAMPLE_ID  1   2   3   4   5
X1 Y1  Z1 SAMPLE1   G1  H1  J1  K1  L1 
X1 Y1  Z1 SAMPLE2   G2  H2  J2  K2  L2 
X2 Y2  Z2 SAMPLE1   G3  H3  J3  K3  L3 
X2 Y2  Z2 SAMPLE2   G4  H4  J4  K4  L4", header=T, check.names=F)