我有一个大的"大矩阵"，我需要从中删除一些列.它是使用CSV文件(7200万行)创建的
BigMat <- read.big.matrix("matrix.csv", type="double", header=TRUE,
backingfile="matrix.bin",
descriptorfile="matrix.desc")
这成功地将矩阵加载到R中，但我没有足够的内存空间来创建一个新对象，当我try 将此矩阵子集时:
BigMatSub <- BigMat[, 5:71]
它给了我:Error: cannot allocate vector of size 37.6 Gb.
有什么方法可以在不达到内存限制的情况下删除列？我需要有它作为"大.矩阵"的对象在最后使用在biglasso().
矩阵是稀疏的，有许多零值.
非常感谢您的帮助.
因此，您使用的是bigmemory包.难怪您可以将完整的矩阵"存储在内存中".
我以前没有用过bigmemory.但是直观地说，如果我们要提取的子集仍然太大，我们在子集之后仍然需要一个"大矩阵"，而不是将其强制为正则密集矩阵.您得到的错误消息意味着通常的"["不尊重"大矩阵"对象，并试图返回37.6GB的密集矩阵.哇！这意味着你的"大矩阵"大约有75322188行！
在软件包的PDF手册中搜索"子集"，我发现您可以try :
BigMatSubset <- deepcopy(BigMat, cols = 5:71)
有趣的是，该手册还记录了"["个.但它没有明确说明我们是否会失go "big.matrix"类，而得到一个正则矩阵.为了验证，您可以提取一个非常小的子集:
what <- BigMat[1:10, 1:4]
看看what是否是正则稠密矩阵.
Update
搜索"[r]deepcopy"只得到7 posts (excluding this answer) so far个.最相关的是:
在阅读这些帖子时，我还发现了函数sub.big.matrix.搜索"[r]sub.big.matrix"只得到2 posts so far (excluding this answer)，这两个答案都是Charles Determan，bigmemory的作者:
我现在确信，sub.big.matrix岁是一个更好的 Select .
All these posts are tagged with r-bigmemory. So I will edit your question to include this tag, too.