使用 shinyproxy 部署shiny 的应用程序时在哪里放置 .Renviron 文件

发布于06月23日

我正在学习如何使用shinyproxy部署Rshiny 的应用程序，但我不知道在哪里放置.Renviron文件，其中包含用于访问数据库的全局变量.

docker映像生成时没有任何错误，但在启动容器时使用:

docker run -it -p 3838:3838 shinyproxy-template .

它在.Renviron文件中找不到env变量，我最终在需要全局变量的R代码部分出错.

我当前的文件夹 struct 如下:

shinyproxy-template/
                   |- app-folder/
                   |- .gitignore
                   |- Dockerfile
                   |- README.md
                   |- app.Rproj
                   |- Rprofile.site
                   |- .Renviron

我try 将.Renviron文件放在app-folder/中，然后再次构建docker映像，但全局变量仍然无法访问.

我应该在哪里放置.Renviron，以便应用程序访问全局变量？

推荐答案

有多个选项:

Put `.Renviron` file to the expected location inside the container

您可以向Dockefile中添加COPY命令，将.Renviron文件复制到预期位置，即用户的主目录或WORKDIR位置(如果在Dockerfile中定义).对于root用户，它将是:

COPY .Renviron /root/

Add environment variables from `.Renviron` to the Dockerfile

添加行，如:

ENV VAR1="value1"
ENV VAR2="value2"

到您的Dockerfile

Add environment variables from `.Renviron` to the shinyproxy configuration

您可以使用以下任一方法在application.yaml配置文件中定义环境变量

container-env:
  VAR1: VALUE1
  VAR2: VALUE2

或

container-env-file: /path/to/.Renviron

f或 your app specification. Note that the path here is on the host and not inside the container.

F或 `docker run`

当您在shinyproxy之外计算docker run时，可以使用参数--env-file，例如:

docker run -it -p 3838:3838 shinyproxy-template --env-file /path/to/shinyproxy-template/.Renviron

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Put .Renviron file to the expected location inside the container

Add environment variables from .Renviron to the Dockerfile

Add environment variables from .Renviron to the shinyproxy configuration

F或 docker run

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Put `.Renviron` file to the expected location inside the container

Add environment variables from `.Renviron` to the Dockerfile

Add environment variables from `.Renviron` to the shinyproxy configuration

F或 `docker run`