标准化工作流中的Snakemake规则使用script指令运行Python脚本，例如以下模板规则:
rule XXXXX:
input:
...,
output:
....,
params:
...,
conda:
"../envs/python.yaml"
script:
"../scripts/XXXX.py"
然后在脚本中，可以使用snakemake对象.然而，脚本随后与该规则紧密结合，这似乎是一个很大的缺点.
为什么这种方法比使用调用脚本的shell 的方法更可取，比如在下面的规则中？
rule XXXXX:
input:
...,
output:
....,
params:
absolute_script_path = ..., # get
argument1 = ...,
conda:
"../envs/python.yaml"
shell:
"python {params.absolute_script_path} {input} {params.argument1} > {output}"
在这种方法中，Python脚本与Snakemake规则分离.此外，它看起来更有内聚力，因为被调用的参数在规则中是明确的，而不是隐藏在脚本中. 我只是从编写Snakemake工作流开始，所以我只是一个初学者.我不明白为什么第一种方法比第二种方法更受欢迎(或在标准化的Snakemake工作流程中使用)？我是不是遗漏了什么？第二种方法有什么问题吗？ 非常感谢您的回答！