我有一个数据框,看起来像这样:
Samples GENE GEN1 GEN2 GEN3 GEN4 GEN5
Sample1 21.0 160 110 3.90 2.62 16.5
Sample2 21.0 160 110 3.90 2.88 17.0
Sample3 22.8 108 5 3.85 2.32 18.6
我假装的是使用列GENE
与其他列(即GENEvsGEN1、GENEvsGEN2等)执行Spearman关联.
并获得包含每列的rho和p值的表(结果是虚构的):
rho p-value
GENEvsGEN1 0.01193936 0.34
GENEvsGEN2 0.0113436 0.034
我知道我可以通过以下方式单独获得它:
res2 <-cor.test(data$GENE, data$GEN1, method = "spearman")
res2
但我有近5000列,所以手动操作每一列都不可行.
有什么建议可以告诉我该怎么处理吗? 谢谢!!