在运行带有惩罚样条线的COX比例风险模型之后,汇总表截断系数的行名.有没有办法打印完整的参数或增加截断限制以确保完整的行名.

对一些虚拟数据进行建模:

library(survival)

dummy = data.frame(
  survival = c(0,0,0,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,1,0,0,0,1), 
  time = c(60,120,180,240,300,360,60,120,180,240,60,120,180,240,300,360,420,480,60,120,180,60,120,180,240), 
  cov1 = c(9.1,7.3,8.2,0.9,0.7,8.7,6.3,7.6,1.5,2.9,1.9,1.3,6.4,1.3,8.9,1.6,7.8,1.2,0.8,5.4,3.5,2.2,4.8,9.3,5.5), 
  covariate2 = c(323,378,261.5,324,492,246.5,330.5,268,77.5,254.5,216,224,206,159.5,76,227.5,444,379,71,232,139,461,366,380,350.5))

mod_survival <- coxph(Surv(time, survival) ~ pspline(cov1) + pspline(covariate2, df = 2), data = dummy)
summary <- summary(mod_survival)
summary$coefficients

结果如下:

> summary$coefficients
                                 coef se(coef)      se2        Chisq         DF         p
pspline(cov1), linear      0.01186380 4.180302 4.042494 8.054382e-06  1.0000000 0.9977356
pspline(cov1), nonlin              NA       NA       NA 1.090602e-01  6.4931508 0.9999908
pspline(covariate2, df =  -0.04858999 8.095739 7.212111 3.602306e-05  1.0000000 0.9952112
pspline(covariate2, df =           NA       NA       NA 2.154301e-10 -0.2063786 0.9964457

我怎样才能打印出下面这样的东西?

                                              coef se(coef)      se2        Chisq         DF         p
pspline(cov1), linear                   0.01186380 4.180302 4.042494 8.054382e-06  1.0000000 0.9977356
pspline(cov1), nonlin                           NA       NA       NA 1.090602e-01  6.4931508 0.9999908
pspline(covariate2, df = 2), linear    -0.04858999 8.095739 7.212111 3.602306e-05  1.0000000 0.9952112
pspline(covariate2, df = 2), nonlin             NA       NA       NA 2.154301e-10 -0.2063786 0.9964457

推荐答案

summary.coxph.penal()函数中的maxlabel参数控制系数名称的长度.加载生存包后运行getAnywhere(summary.coxph.penal)即可看到源代码.从示例中可以看到,缺省值为maxlabel = 25.

summary()呼叫改为summary <- summary(mod_survival, maxlabel = 35)或更大的号码,可以解决您的问题.

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