复制的
例如
同样地,我有没有办法知道这个模型是收敛的还是失败的?
我的顾问说,如果模型无法收敛,标准误差将无法估计.然而,尽管以下公式未能收敛,但似乎估计出了一个标准误差.
是否有任何良好的指标表明该模型收敛或未能收敛?(注意到警告信息除外)
我使用的是lme4
软件包和lmer()
函数.
例如,有一个失败的收敛多级模型的例子
library(lme4)
read.table(textConnection("duration season sites effect
4d mon s1 7305.91
4d mon s2 856.297
4d mon s3 649.93
4d mon s1 10121.62
4d mon s2 5137.85
4d mon s3 3059.89
4d mon s1 5384.3
4d mon s2 5014.66
4d mon s3 3378.15
4d post s1 6475.53
4d post s2 2923.15
4d post s3 554.05
4d post s1 7590.8
4d post s2 3888.01
4d post s3 600.07
4d post s1 6717.63
4d post s2 1542.93
4d post s3 1001.4
4d pre s1 9290.84
4d pre s2 2199.05
4d pre s3 1149.99
4d pre s1 5864.29
4d pre s2 4847.92
4d pre s3 4172.71
4d pre s1 8419.88
4d pre s2 685.18
4d pre s3 4133.15
7d mon s1 11129.86
7d mon s2 1492.36
7d mon s3 1375
7d mon s1 10927.16
7d mon s2 8131.14
7d mon s3 9610.08
7d mon s1 13732.55
7d mon s2 13314.01
7d mon s3 4075.65
7d post s1 11770.79
7d post s2 4254.88
7d post s3 753.2
7d post s1 11324.95
7d post s2 5133.76
7d post s3 2156.2
7d post s1 12103.76
7d post s2 3143.72
7d post s3 2603.23
7d pre s1 13928.88
7d pre s2 3208.28
7d pre s3 8015.04
7d pre s1 11851.47
7d pre s2 6815.31
7d pre s3 8478.77
7d pre s1 13600.48
7d pre s2 1219.46
7d pre s3 6987.5
"),header=T)->dat1
lmer(effect ~ duration + (1+duration|sites) +(1+duration|season),
data=dat1)
这会产生错误
然而,标准误差似乎是可以估计的,尽管它无法收敛.
Linear mixed model fit by REML. t-tests use Satterthwaite's method ['lmerModLmerTest']
Formula: effect ~ duration + (1 + duration | sites) + (1 + duration | season)
Data: dat1
REML criterion at convergence: 969
Scaled residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-2.0515 -0.6676 0.0075 0.5333 3.2161
Random effects:
Groups Name Variance Std.Dev. Corr
sites (Intercept) 8033602 2834
duration7d 1652488 1285 1.00
season (Intercept) 0 0
duration7d 1175980 1084 NaN
Residual 5292365 2301
Number of obs: 54, groups: sites, 3; season, 3
Fixed effects:
Estimate Std. Error df t value Pr(>|t|)
(Intercept) 4183.896 1695.252 2.008 2.468 0.132
duration7d 3265.641 1155.357 3.270 2.827 0.060 .
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Correlation of Fixed Effects:
(Intr)
duration7d 0.520
optimizer (nloptwrap) convergence code: 0 (OK)
boundary (singular) fit: see ?isSingular
(以上数据和代码不是我的模型,
总而言之,我的问题是
- 除了注意警告消息外,是否有任何明确的功能或方法来通知此功能是否已聚合或聚合失败
(就像判断奇点一样,Isingular()函数给出了明确的指示)
- 当模型无法收敛时,为什么标准误差仍然是估计的?
最终的目标是为了我的模拟研究,我将计算收敛速度.