我的系统(服务器)中安装了大约4000个R软件包，其中大多数都已经过时，因为它们是在R-3.0.0之前构建的.现在我知道了
update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)
会更新我所有的软件包，但速度太慢了.问题是，用户不使用大多数软件包，他们有时会要求我更新他们使用的软件包(比如字段).现在如果我跑
install.packages("fields")
它只会更新包字段，但不会更新包映射，即使字段依赖于映射.因此，当我try 加载包字段时:
library("fields")
我收到一条错误信息
Error: package ‘maps’ was built before R 3.0.0: please re-install it
是否有一种方法可以升级字段，以便它也会自动更新字段所依赖的包？
正如Ben在 comments 中指出的，您需要获得fields的依赖项，然后过滤掉优先级为"Base"或"Recommended"的包，然后将包列表传递给install.packages()以处理安装.比如:
instPkgPlusDeps <- function(pkg, install = FALSE,
which = c("Depends", "Imports", "LinkingTo"),
inc.pkg = TRUE) {
stopifnot(require("tools")) ## load tools
ap <- available.packages() ## takes a minute on first use
## get dependencies for pkg recursively through all dependencies
deps <- package_dependencies(pkg, db = ap, which = which, recursive = TRUE)
## the next line can generate warnings; I think these are harmless
## returns the Priority field. `NA` indicates not Base or Recommended
pri <- sapply(deps[[1]], packageDescription, fields = "Priority")
## filter out Base & Recommended pkgs - we want the `NA` entries
deps <- deps[[1]][is.na(pri)]
## install pkg too?
if (inc.pkg) {
deps = c(pkg, deps)
}
## are we installing?
if (install) {
install.packages(deps)
}
deps ## return dependencies
}
这使得:
R> instPkgPlusDeps("fields")
Loading required package: tools
[1] "fields" "spam" "maps"
哪个和
> packageDescription("fields", fields = "Depends")
[1] "R (>= 2.13), methods, spam, maps"
您会从sapply()行if收到警告，deps中的依赖项实际上没有安装.我认为这些是无害的，因为在这种情况下返回的值是NA，我们用它来表示我们想要安装的软件包.如果你安装了4000个软件包，我怀疑这会影响你.
默认设置是not，用于安装软件包，但只返回依赖项列表.我认为这是最安全的，因为你可能没有意识到其中隐含的依赖链，最终意外地安装了数百个软件包.如果您愿意安装所示的软件包，请输入install = TRUE.
请注意，我限制了搜索到的依赖项的类型——如果使用which = "most"，那么在递归解析这些依赖项(也包括Suggests:个字段)后，fields有300多个这样的依赖项.which = "all"将寻找所有东西，包括Enhances:，这将是一个更大的包裹 list .关于which参数的有效输入，请参见?tools::package_dependencies.