Python 如何将 rdkit DrawMorganBit 输出保存为图像

发布于07月16日

代码:

import numpy as np
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw, AllChem, PandasTools, DataStructs

mol = Chem.MolFromSmiles('O=C1N([C@@H](C)C2CC2)CC3=CC(C4=C(C)N=C(NC(C)=O)S4)=CC(S(=O)(C)=O)=C31')
bi = {}
fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, radius=3, bitInfo=bi)

fp_arr = np.zeros(1,)
DataStructs.ConvertToNumpyArray(fp, fp_arr)
fp_arr = np.nonzero(fp_arr)[0]

for ar in fp_arr:
    img = Draw.DrawMorganBit(mol, ar, bi, useSVG=True)
    img.save("submol.png")

我想使用DrawMorganBit创建一个图像，以了解分子的 fingerprint 位是如何生成的.(使用PyCharm而不是Jupyter笔记本)

rdkit版本2022.3.4

Error

坍塌问题:

rdkit.Chem.rdchem.KekulizeException: Can't kekulize mol.  Unkekulized atoms: 5 6 8 9 14

保存问题:

AttributeError: 'str' object has no attribute 'save'

推荐答案

Kekuizing问题的解决方案可以在这里找到:

保存图像的问题是，您试图将SVG保存为png.

有了这段代码，你应该得到一个包含所有摩根比特的图像.

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdMolDescriptors, Draw
drawOptions = Draw.rdMolDraw2D.MolDrawOptions()
drawOptions.prepareMolsBeforeDrawing = False
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

mol = Chem.MolFromSmiles('O=C1N([C@@H](C)C2CC2)CC3=CC(C4=C(C)N=C(NC(C)=O)S4)=CC(S(=O)(C)=O)=C31')

bi = {}
fp = rdMolDescriptors.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, radius=2, bitInfo=bi)

tpls = [(mol, x, bi) for x in fp.GetOnBits()]

p = Draw.DrawMorganBits(tpls, molsPerRow=5, legends=[str(x) for x in fp.GetOnBits()], drawOptions=drawOptions)
p.save('submol.png')